Река Средний Сакукан протекает в районе Кодара в Забайкальском крае, наряду с реками Верхний Сакукан и Апсан является левым притоком притоком Чары, входит в бассейн реки Лена и Северного Ледовитого океана.
Средний Сакукан — типично горная река, берет свое начало из ледников Кодара. Левыми притоками Среднего Сакукана являются реки Того, Шаньга, ручей Поливанный, правыми — Экса, ручьи Балтийский, Каменный, Медвежий, Метельный и ключ Золотой. На водоразделе рек Средний Сакукан и Чара находится одно из красивейших озер Аленушка.