Свято-Иоанновский ставропигиальный женский монастырь был основан в 1900 году отцом Иоанном Ильичом Сергиевым (в народе Иоанном Кронштадтским) — чудотворцем, протоиереем Кронштадтского собора Андрея Первозданного. История Иоанновского монастыря началась годом ранее с основания Иоанном Кронштадтским у себя на родине в селе Сура Архангельской губернии Иоанно-Богословской общины. Именно для ее нужд было решено приобрести землю в столице и выстроить храм и часовню. Земельный участок для постройки храма на берегу реки Карповки в Петербурге был пожертвован почетным гражданином С.Г. Раменским.